Não sei ao certo por que isso prejudicaria seu site. O que você fez foi alterar o proprietário da sua casa diretamente para a raiz, em vez de se permitir ver isso diretamente. Você provavelmente precisará do acesso root ou sudo para alterá-lo de volta. Depois de alterá-lo, execute: sudo ls -l /your/site/directory
Isso lhe dará as permissões para o site. Em seguida, poste o que você está tentando fazer no cron para que possamos ajudar a garantir que você defina as permissões no lugar certo.