Qual é a diferença entre os programas de inicialização nas janelas e os mesmos programas sendo iniciados manualmente?

Question

Eu não sou um cara do Windows, mas estou tentando obter uma integração perfeita do programa do Windows através do convidado do Virtual Box Windows na minha máquina Ubuntu. Eu segui mais ou menos esse tutorial: link

Basicamente, eu inicio o Windows no Virtual Box e, em seguida, tento iniciar um aplicativo (no host Ubuntu) assim:

rdesktop -A -s "c:\Program Files\ThinLinc\WTSTools\seamlessrdpshell.exe notepad.exe" 192.168.123.103:3389 -u user -p password

Isso só me dá uma área de trabalho completa do Windows que eu não quero. No entanto, quando eu corro (no convidado do Windows)

"c:\Program Files\ThinLinc\WTSTools\seamlessrdpshell.exe"  "notepad"

O comando acima funciona e eu recebo apenas a janela que quero. Agora, pensei em colocar este comando na pasta de inicialização da máquina Windows e tudo ficaria bem. Mas diz "Não é possível configurar o canal virtual". (Pesquisando no google, acertei no arquivo: link - o aviso é acionado (por main.c no mesmo diretório) quando a função vchannel_open () retorna algo que C interpreta como yes para a condição if).

Eu não tenho idéia porque funciona quando eu lanço este comando manualmente através de um arquivo bat e não quando eu colocá-lo em programas de inicialização. Alguma idéia?