Como remover um diretório em / home mangueira do sistema? Eu suspeito que o sistema ainda está bem, apenas a sua conta foi surpreendida. Em caso afirmativo, restaurar os links ausentes deve corrigir as coisas bem.
Se você realmente causou danos em larga escala, eu sugiro salvar qualquer dado valioso, fazer backup de arquivos de configuração (e verificar três vezes todos eles), descobrir o que foi instalado e apenas reconstruir a máquina. É quase garantido que tentativas de salvamento heróicas levarão a instabilidades e problemas difíceis de entender posteriormente.
Meus pêsames.