Não parece haver nenhuma maneira de alterar as cores na janela do IE View Source, mas tenho uma sugestão melhor. Como essa janela é inútil, você pode simplesmente substituí-la por um editor de texto / HTML adequado à sua escolha. Se é pequeno, poderoso e ainda carrega rápido (algo como Notepad ++ talvez), será muito mais útil em comparação com o visualizador padrão.
Salve o seguinte como um arquivo .REG, edite para incluir o caminho completo para o EXE do seu editor favorito e, em seguida, importe e você deve estar pronto:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\View Source Editor]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\View Source Editor\Editor Name]
@="C:\Windows\System32\Notepad.exe"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Internet Explorer\View Source Editor]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Internet Explorer\View Source Editor\Editor Name]
@="C:\Windows\System32\Notepad.exe"
Nota: Testado apenas com o IE9 até agora (versões de 32 e 64 bits), não o IE10. Absolutamente nenhum mal em tentar embora (as alterações podem ser facilmente revertidas), então deixe-me saber se ele funciona com o IE10 também.