Não conheço nenhuma maneira de impedir que um usuário alie um comando. Suponho que você esteja falando da função alias do bash ou de outros shells.
Você pode tentar corrigir o bash para a lista negra de certos comandos de serem alias. Mas, em seguida, o usuário pode escrever uma função de shell , ou um script de shell, ou ac programa, ou usar outro shell completamente.
Eu acho que é seguro dizer que tentar impedir que certos comandos sejam alias é praticamente impossível.