Dependendo do escopo da substituição, você tem duas abordagens:
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Instale o gerenciador de plug-ins para o Notepad ++ e compare o plug-in, é ótimo para comparar o conteúdo de dois arquivos. Se você quer apenas substituir algum texto (uma ou mais palavras) por outro texto, você pode fazê-lo manualmente usando a pesquisa e substituir no Notepad ++. Essa é a solução adequada se você tiver um pequeno número desses textos ou se o texto a ser substituído for curto.
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Se o número de substituições for alto, e se você precisar fazer essas substituições com frequência, precisará de algo como o diff e o patch do Unix, e há muitas dessas ferramentas gratuitas para o Windows. O uso é simples - a saída da ferramenta diff é um arquivo de correção que você pode aplicar (com a ferramenta de correção) ao segundo arquivo para obter os dois arquivos da mesma forma. Mais simples é copiar o arquivo, mas se você não quiser que os arquivos inteiros sejam idênticos, mas apenas algumas linhas, edite o arquivo de correção (é um arquivo de texto simples) e remova o que não é necessário.