Globalmente em
/usr/share/applications
Localmente em
~/.local/share/applications
Se você quiser adicionar um lançador personalizado, crie-o em ~/.local/share/applications
, torne-o executável, arraste-o e solte-o no lançador * e finalmente fixe-o (clique com o botão direito no item de inicialização → Iniciador ).
* Abrindo-o usando o Nautilus não parece fazer o truque.