Eu não acho que haja uma maneira de obter inotifywait para fazer isso - seria complicado porque o kernel ou o inotifywait teriam que se lembrar de todos os arquivos que haviam sido reportados anteriormente para evite emitir eventos extras.
Você provavelmente precisará pós-processar o log, com sort -u ou algo assim, para remover os eventos duplicados nos quais não está interessado.