Desconecte o outro disco rígido antes de instalar o Windows 8.
Desloque o computador para baixo e retire o cabo SATA (embora não seja recomendado, você pode retirá-lo enquanto estiver em execução e, em seguida, só precisa reiniciar).
O instalador lhe dá essa mensagem, mesmo que encontre uma partição desconhecida em outra unidade. (O Windows 8 ainda não suporta partições ext3).