Meu PC (que é um mestre de cooler que é, IMO uma marca boa / respeitável) tem o PSU na parte inferior e eu não tive nenhum problema. Além disso, na parte inferior do meu caso (sob o PSU) é uma grade para permitir o fluxo de ar.
Acho que a chave é se a caixa é bem ventilada (ou não). Assegure-se de que você tenha ventiladores nos discos rígidos (os meus estão na frente do gabinete) e que não está quente por dentro. Se você tem um pequeno fator, você pode estar limitado em quantos fãs podem ser alimentados (e também a placa-mãe limitará isso devido ao número de cabeçalhos que você tem para os fãs).