Não sei bem por que você gostaria de fazer isso. Aqui está uma reformulação da sua pergunta que usarei como base da minha resposta:
How can I launch a program on my computer from a webpage, passing information from the host as command-line arguments?
Devido a restrições de segurança, o Javascript não pode executar comandos do sistema no cliente. Possíveis maneiras de realizar isso (em ordem de preferência):
- Configure o servidor local e use o AJAX
- Comandos do servidor exec do cliente
- O jogo Mabinogi faz isso para lançar o jogo em seu site
- Use Flash ou Java - Eles são plugins, então eles são executados fora da sandbox do navegador
- Configurar o túnel SSH entre o servidor e o seu computador
- Pode haver problemas para fazer com que um aplicativo de GUI seja executado
Eu realmente gosto apenas da primeira opção. O servidor seria bastante trivial para escrever. Não tenho certeza de quanta experiência em programação você tem, mas isso pode ser feito facilmente em praticamente qualquer linguagem de script (Python, Ruby, Javascript com node.js, PHP) ou em uma linguagem moderna compilada (como o Go).
Essa abordagem tem algumas desvantagens, como se você precisasse ter o servidor instalado para que a página funcionasse, mas, no geral, acho que é a melhor opção.
No entanto, se você quer apenas uma maneira simples de acessar servidores remotos sem ter que abrir o putty primeiro, tenho certeza que você poderia fazer alguns lançadores usando parâmetros da linha de comando da putty . Pesquise no Google por parâmetros específicos para passá-lo.