Existe um pacote no Gentoo chamado media-sound / poc que tem um binário chamado mp3cut (1) . Isso funcionou para mim no passado. Este pacote também tem um mp3cue (1) que faz o que você pede.
Se você está procurando algo que analise o som e tente adivinhar onde cortar, infelizmente eu não conheço nenhum software que faça isso.