O termo "shell" geralmente é mal utilizado quando se refere ao Linux. O que as duas respostas acima estão se referindo é o shell bash, que é a sintaxe usada em scripts simples e no terminal. O que eu penso que você está procurando é uma interface de shell, ou mais formalmente um ambiente de desktop, ou DE. Os DEs são basicamente como sua área de trabalho é e é organizada.
Provavelmente o DE mais famoso e amplamente usado foi o Gnome 2, que foi implementado pela maioria das distribuições Linux populares. A razão de muito falar sobre qual "shell" (DE) é melhor é provavelmente por causa do Gnome 3.
A equipe do Ubuntu começou o desenvolvimento do atual DE, Unity, na mesma época em que o Gnome 3 entrou em desenvolvimento. Quando eles mudam o Ubuntu para o Unity como padrão, houve muitas reclamações. Ainda mais preocupante foi o fato de que o Gnome 3 foi lançado em revistas mistas (e ruins), o que significa que a próxima geração do DE mais popular e o DE usado pela distro mais popular foram 1) diferentes e 2) mal recebidos. p>
O Unity foi bastante reformulado nos últimos lançamentos e agora é bastante inovador. O Gnome 3 também recebeu revisões significativas, então eu diria que ambas são opções viáveis, embora o Unity provavelmente seja mais fácil de se manter, já que ele já está instalado. Outros ambientes que o Ubuntu suporta também incluem o XFCE e o LXDE, que são projetados para hardware de baixo custo.
Não há um ambiente de área de trabalho "melhor" e, se você quiser mudar, depende totalmente de você. No entanto, provavelmente é melhor aprender os conceitos básicos do Ubuntu e do Linux em geral antes de passar a substituir sua área de trabalho.
Para resumir:
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Unity é a área de trabalho que você está usando no momento. Ele vem de fábrica com o Ubuntu e é mais suportado porque é desenvolvido por desenvolvedores do Ubuntu.
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O Gnome 3 é considerado um pouco confuso no geral, mas também tem um bom suporte e parece legal.
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XFCE é o desktop leve mais popular. Parece bastante semelhante ao Windows.
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O LXDE é um concorrente relativamente recente do XFCE.
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O Gnome 2 está disponível no Ubuntu fazendo logout e navegando no menu DE. Muito estável, mas não mais atualizado.