As versões mais recentes do mdadm não se incomodam mais com o mdadm.conf - elas procuram por superblocos e montam as matrizes que encontram. A maioria das distros tem um gancho de inicialização para isso.
Uma vez em cima, suas matrizes conterão grupos de volumes inativos que, novamente, devem ser ativados pelo LVM durante a inicialização. Se não, o comando
vgchange -ay
ativará todos os seus volumes.