O comportamento padrão de du é não contar arquivos vinculados por hardware várias vezes.
Você pode ativá-lo para contar arquivos vinculados com disco quantas vezes ele estiver vinculado à opção -l
:
Eu tenho 3 links para o arquivo de 32 Kb.
$ du
36 .
$ du -l
100 .
O extra de 4 Kb em ambos os casos é o tamanho do próprio diretório