Você pode particionar o disco de backup de acordo com os tamanhos do SSD e do HDD e depois cloná-los usando o SuperDuper! às respectivas partições. Se o seu disco de backup for grande o suficiente, você também pode ter outra partição para backups do Time Machine.
A longo prazo, seria melhor clonar as unidades para separar os discos de backup físico para reduzir o risco de perda de dados devido a falhas de hardware.