Se você puder mover tudo para uma unidade, dependendo do software / driver que estiver usando, poderá ser possível. Tanto quanto eu sei, não existe nenhum programa que combina os sistemas de arquivos de duas unidades no entanto, pelo menos uma ou outra das duas unidades perderá seus dados. Alguns programas não oferecem nem a opção de salvar os dados em uma unidade. Além disso, se você tiver um RAID que permitirá salvar os dados, você terá que executar algum programa especial para expandir o sistema de arquivos para as extensões da unidade.