É porque o shell está expandindo o ". *" para ser ".." ou um diretório para cima.
Nesse caso, é melhor, IMO, usar find
Torne-se root
sudo -i
execute a pesquisa
find /home/$user -exec chown $user:$user {} \;
Altere $ user para o nome de usuário apropriado
Em teoria, o chown deve funcionar com o -R e sem o curinga
sudo chown -R $user:$user /home/$user
mas acho que isso erra os arquivos ocultos ou .files, razão pela qual o RoboJ1M tentou ". *", o que causou o problema.