Uma linguagem de script como o Perl é ideal para isso.
$ cat t2
5 2 r.gritty teaboy
43038 12500 s.ramesh labour
43038 13000 m.ramesh doctor
$ perl -ane 'printf("%5s %5s\n", $F[2],$F[1])' t2
r.gritty 2
s.ramesh 12500
m.ramesh 13000
ou
$ perl -ane 'printf("%5s %0.5d\n", $F[2],$F[1])' t2
r.gritty 00002
s.ramesh 12500
m.ramesh 13000
Em seguida, edite centenas de arquivos no local de uma só vez
$ perl -i -ane 'printf("%5s %5s\n", $F[2],$F[1])' t1 t2 t3 t4 t5 *.txt foo/t6