Por que você está perguntando sobre como excluir o gerenciador de inicialização quando você quer apenas excluir um dos suas instalações do Windows 7? A exclusão do gerenciador de inicialização deixará você incapaz de acessar qualquer um dos seus Win7's. Abra o Gerenciamento de Disco enquanto inicializado no Win 7 Ultimate, encontre o partição (Windows "drive") que contém o seu Win 7 Pro, clique direito sobre ele, e escolha "formato".