Se você construir o seu kernel seguindo os procedimentos corretos para construir os kernels do Ubuntu (não sei quais são), quando você instalar os pacotes .deb resultantes, você obterá uma entrada adicional no menu de inicialização do GRUB. Seu (s) kernel (s) antigo (s) ainda estará lá, a menos que você os remova explicitamente.
O modo de recuperação não é um kernel especial. Ele apenas inicializa um sistema mínimo, usando qualquer kernel emparelhado.