Eu respondi minha própria pergunta.
Aparentemente, a geometria do disco mudou durante a extensão e, por algum motivo, não foi atualizada no setor de inicialização (provavelmente porque a segunda VM não a viu como um disco inicializável, portanto não encontrou razão para atualizar a inicialização setor?)
Então usei TestDisk para reescrever o "BPB" (a seção do setor de inicialização que descreve o volume no momento da inicialização para que um salto para a parte correta do HD possa ser alcançado) e reinicializado. Ainda assim, isso não funcionou, a listagem do diretório estava inacessível no console de recuperação. Então, em outra rodada de fixboot e fixmbr. BAM, funciona novamente, finalmente.