Obrigado a todos pelas sugestões. Acabei usando um aplicativo gratuito de código aberto disponível no Ubuntu e Windows chamado Tasque. Ele pode ser encontrado aqui: link
O aplicativo pode armazenar a lista localmente ou via a API Remember the Milk (que é o que eu decidi usar). É simples e exatamente o que eu estava procurando. Ele diz aberto na área da barra de tarefas do Windows e Ubuntu.