Não tenho certeza se você pode fazer isso apenas com o disco do Windows, mas é possível inicializar algo diferente da instalação do Windows infectada ou do DVD do Windows e sobrescrever o arquivo.
Por exemplo um liveCD com Linux, o bootCD de Hiren, o comando do sysinternals ERD, ....
Ou até mesmo um outro computador (apenas certifique-se de que está atualizado para não ser infectado).