Isso pode ser mais fácil de executar no seu programa de criação de documentos, que o Acrobat selecionará e importará para o seu PDF (por exemplo, um TOC no Word será importado - links e todos - para um PDF ).
Por exemplo, uma macro do MicroSoft Word que encontre a palavra e adicione um link a um marcador no documento funcionaria para criar os links no Word, que poderiam ser facilmente exportados para PDF.