Uau, WindowMaker, já faz um tempo ... Da última vez que usei este WM, eu estava definindo minha resolução editando o /etc/X11/xorg.conf. Abra o arquivo e procure por linhas semelhantes:
Subsection "Display"
Depth 8
Modes "1024x768" "800x600" "640x480"
EndSubsection
Defina a resolução apropriada e reinicie o X Server.
Você também pode tentar o wmakerconf :
WMakerConf (short for Window Maker Configurator) is a configuration utility for the Window Maker window manager. Unlike the WPrefs.app program included with Window Maker, WMakerConf uses the GTK+ graphics library.
Por fim, os arquivos de configuração específicos do usuário do WMaker estão em $ HIME / GNUstep, investigue lá, veja se você não consegue encontrar nada de útil.