Claro. Eu usaria algo como tar (existem outras opções, rsync, cp, cpio):
cd /media/usb-stick/
tar -pcvzf home.$USER.tar.gz /home/$USER
Para descompactar no novo computador:
cd /
tar -xvzf /media/usb-stick/home.$USER.tar.gz
Se você tiver algum problema de permissão depois, faça o seguinte:
# own everything in your home dir by you. This is usually safe/correct,
# unless you have some unusual permissions set up somewhere (like a directory
# for sharing files with other users on the system)
chown -R $USER:$USER ~
Alguns problemas que você pode encontrar:
- Espaço em disco: verifique se o seu pendrive tem espaço suficiente
- Tamanho do arquivo muito grande: se o seu diretório pessoal tiver mais de 2G de arquivos, você poderá criar um arquivo muito grande para um usb-stick fat32. Formate-o ext3, ative diretórios parciais, copie em lotes ou use outro método para arquivar coisas (rsync, copiar em rede, etc)
- se você não usa tar, e usa cp ou rsync, você precisa copiar para um sistema de arquivos unix, como o ext3. Copiar para um disco USB sem usar o tar vai atrapalhar as permissões.
- arquivos de ponto: verifique se você faz diretórios parciais, você não esquece todos os arquivos em seu diretório inicial que começam com um ponto (oculto).