Você pode ocultar arquivos / pastas no Mac apenas prefixando o nome do arquivo com um ponto ( .filename ) que permanecerá visível no Windows, portanto, se você nomear os arquivos do Windows com um ponto inicial, você terá isso coberto. O OS X também suporta um atributo 'invisível', que, dado que não é reconhecido pelo Windows, provavelmente esconderia os arquivos do Windows do OS X deixando-os visíveis para o Windows ... mas isso provavelmente teria que ser definido no OS X O contrário é um pouco mais complicado se você estiver trabalhando no OS X, mas uma pergunta semelhante recebeu algumas sugestões de como fazer isso. Caso contrário, se você apenas definir o atributo 'oculto' no Windows, o OS X deve simplesmente ignorá-lo. Você poderia definir esse atributo para os arquivos do Mac, o que os ocultaria do Windows.