Na sua tag de configuração :tend
é omitido, o modo de organização não analisa range
para :tend
.
* my timed entry
CLOCK: [2012-11-10 Сб. 12:14]--[2012-11-10 Сб. 13:14] => 1:00
** not working table
#+BEGIN: clocktable :tstart "[2012-11-10 Сб. 12:00]" :tend "[2012-11-10 Сб. 13:00]" :maxlevel 2 :scope buffer
#+CAPTION: Clock summary at [2013-01-18 Пт. 01:16]
| Headline | Time | |
|-----------------------+--------+------|
| *Total time* | *0:46* | |
|-----------------------+--------+------|
| my timed entry | 0:46 | |
| \__ not working table | | 0:00 |
#+END: clocktable