Corrigi este problema, desativando a opção "Espaços de trabalho apenas na exibição principal" na Ferramenta Gnome Tweak.
Tudo funciona novamente como esperado.
Meu gnome-shell parece ter apenas um espaço de trabalho. Eu não posso mudar para outro espaço de trabalho usando a combinação Ctrl + Alt + Down / Up e usando a tecla Super sempre me mostra apenas uma área de trabalho. Se eu tentar abrir um programa em um novo espaço de trabalho usando o botão do meio do mouse eu posso observar que há 2 espaços de trabalho brevemente, mas depois o programa é movido para o superior e o segundo desaparece. Eu já tentei usar espaços de trabalho estáticos usando gnome-tweak-tool. Isso me dá vários espaços de trabalho, mas todos eles mostram exatamente o mesmo conteúdo. Eles não são independentes uns dos outros. Além disso, eu encontrei a execução
compiz --replace
gnome-shell --replace
Dá-me uma shell do gnome com espaços de trabalho em funcionamento.
Edit: Na verdade, o recurso do espaço de trabalho desapareceu quando abri um programa. Então, descarte a parte sobre o trabalho.
Corrigi este problema, desativando a opção "Espaços de trabalho apenas na exibição principal" na Ferramenta Gnome Tweak.
Tudo funciona novamente como esperado.
Eu tive o mesmo problema quando mudei para o driver gráfico nvidia-331. Quando mudei de volta para o driver X.Org (nouveau) ou para o nvidia-331-updates, as áreas de trabalho novamente funcionam corretamente.
Como você está executando o compiz, é necessário ativar os espaços de trabalho usando o gerenciador de sessões compiz. Veja a resposta no link abaixo:
http://askubuntu.com/questions/519651/add-workspaces-with-gnome-classic-and-ubuntu-14-04/519718#519718