Você pode tentar executar o Windows no modo de recuperação / segurança mantendo F8 ou Ctrl nos primeiros segundos de carregamento? Então, se não for reinicializado, tente executar o Scandisk novamente. Caso contrário, o que acontece se você cancelar seu CHKDSK usando o Control-C? Seu sistema está inicializando corretamente? Caso contrário, você tem que usar o boot do seu computador usando o CD do Windows e tentar executar o CHKDSK daqui, ele não deve falhar. Se nada funcionar, tente inicializar seu Windows a partir do CD novamente e escolha Consertar seu sistema.