Você pode remover todos os itens. Veja o link: link
removeAll
chrome.contextMenus.removeAll (callback de função)
Remove todos os itens do menu de contexto adicionados por esta extensão.
Parâmetros
retorno de chamada
(função opcional) Chamado quando a remoção é concluída.
Função de retorno de chamada
Se você especificar o parâmetro de retorno de chamada, ele deverá especificar uma função como esta:
function () {...};