Para mim, o primeiro passo seria a documentação ... tanto com comentários internos nos arquivos quanto externamente, talvez por meio de um wiki ou alguma outra ferramenta KM, para que outros possam decifrar seu trabalho.
Segundo, ter certeza de que você tem algum controle de versão (SVN de tartaruga ou similar) ... Documentando seus commits o máximo possível.
Organização ... Agrupando arquivos em lote por processo ou função, incluindo convenções de nomenclatura comuns, se possível.