O seu arquivo .project está na lista de ignorados? O Eclipse usa o arquivo .project para armazenar metadados, como a natureza do seu projeto (natureza implica tipo de projeto, como Java, PHP) e construir especificações. Sem esse arquivo, o eclipse não poderá construir isso, pois os construtores precisam conhecer a natureza, criar especificações do projeto. Uma descrição detalhada do arquivo está aqui link