O problema foi resolvido com versões mais recentes de drivers para a placa gráfica.
Por enquanto, mudei para drivers proprietários da AMD. Ele resolveu o problema com a hibernação, mas, pelo menos no meu caso, os drivers proprietários da AMD eram mais problemáticos (reinstalação manual após cada atualização do kernel) e tinham um desempenho pior. Depois de um tempo eu dei aos motoristas livres outra chance e o problema anterior desapareceu.
Meu palpite é que houve algum erro nos drivers gratuitos que foram reparados nesse meio tempo.