A resposta é realmente bastante longa e envolvida, mas há uma ótima postagem no blog que explica as etapas (com capturas de tela) para assumir o controle desse problema e acertar. O artigo pressupõe que você está executando o driver Nvidia, que se você não for, você pode ter alguns problemas ... mas ... pelo jeito, ele deve funcionar com qualquer driver.
Em poucas palavras, você deseja executar winecfg , ativar uma área de trabalho virtual e usar o comando xdotool (instalando o pacote, se necessário) para mover a janela para a tela correta.
A propósito, eu acho que você pode evitar usar xdotool se você rodar o gerenciador de janelas do Kwin porque ele tem uma configuração extremamente flexível de onde posicionar janelas e quão grande é fazê-las, mas como você está executando o Compiz eu duvido está executando o KDE agora mesmo.