Você não faz. Um arquivo msf é apenas o índice, que é recriado se estiver faltando quando você abrir a mbox real. No seu caso, você está usando o IMAP, portanto, o correio é armazenado no servidor. Basta configurar o thunderbird para se conectar ao servidor e ele encontrará todos os seus e-mails no servidor.
Se você não estava usando o IMAP, basta configurar o thunderbird, fechá-lo e copiar os arquivos de backup de volta para o diretório do seu perfil.