Se eu estou entendendo bem, você pode criar um ponto de backup ou de restauração e excluir esse arquivo sem hesitação. Como em qualquer caso, você tem qualquer problema que você pode reparar o seu PC ou você pode restaurá-lo no ponto de restauração que você criou.
Como sei, alguns programas não desinstala todo o conteúdo de quando eles são desinstalados através do painel de controle. Como winamp
é um deles quando você vai desinstalá-lo, então ele envia uma mensagem no final de que todos os arquivos não foram excluídos , então você deve excluí-los manualmente. Então AFAIK não deve haver problema para excluir este arquivo.