O script em si faz o mapeamento e o mapeamento só deve estar ativo enquanto o script estiver em execução, não o programa AutoHotKey. Você pode desinstalar o AutoHotKey do Adicionar / Remover Programas e ainda ter um script em execução.
Existe algo extra na bandeja do sistema (perto do relógio)? Se houver, clique com o botão direito e saia.
Você adicionou o script à pasta Startup
para que ele seja executado sempre que você executar o Windows? Se sim, remova o atalho para o script.