Eu não tenho ideia de por que eles escolheram fazer isso, mas, independentemente disso, seus arquivos sumiram. Como as pessoas estão mais acostumadas com os padrões do Windows Explorer e Nautilus de realmente mesclar a pasta ou dar uma opção para fazer isso no último caso, a maioria dos usuários não espera que o Finder realmente substitua o conteúdo inteiramente (embora realmente diga que o diálogo modal).
Como você já observou, esses arquivos não estão na Lixeira e não estão em nenhum outro lugar também - essa é a única desvantagem desse método.
Sua única chance é parar de usar a máquina agora mesmo e usar qualquer ferramenta de recuperação de dados ou recuperação de dados do OS X (HFS +).
Como o mercado está repleto dessas ferramentas e nunca me deparei com a situação de precisar de uma delas, não posso dar nenhuma recomendação sobre qual delas tentar. Todos parecem estar livres, mas se você quiser restaurar algo, eles podem cobrar de você.
Você pode também verificar os arquivos do Git.
E comece a fazer backups;)