A maneira mais fácil seria fazer login no servidor da Web (por exemplo, usando ssh) e comparar a soma MD5.
A menos que você esteja usando algo realmente antigo chamado FTP e transfira arquivos binários no modo ASCII. Nesse caso, basta digitar 'bin' no seu cliente de FTP para enviá-los corretamente.
(Obviamente, esse é um palpite. Sua pergunta não menciona qual software você usa para enviar).