Você pode presumir com segurança que o TrueCrypt tem um desempenho de desempenho linear, pois a criptografia total de disco é implementada como um driver em nível de bloco.
O VMware, por outro lado, é lento com volumes dinâmicos. Eu vi efeitos semelhantes com e sem TC. Portanto, uma solução possível seria usar VHDs fixos.