Provavelmente o problema é que você não incluiu \ arquivos de programas com aspas. O programa em lote não tratará adequadamente um caminho ou nome de arquivo com um espaço, a menos que você coloque aspas em torno dele.
Eu fiz o seguinte para o seu programa em lote, e ele assume que o diretório Wireshark está na unidade C: e que os arquivos de amostra de captura de log e synflood estão onde você reporta que estão:
@echo off
cd /d "c:\program files\wireshark"
tshark -T fields -n -r "C:\Users\L33604\Desktop\SynFlood Sample.pcap" -E separator=, -e ip.src -e ip.dst > "C:\Users\L33604\Desktop\logcapture.txt"