Desative a inicialização da segunda unidade completamente. Isso deve ser possível na maioria das placas-mãe. Você pode remover dispositivos extras da lista de inicialização com a tecla 'x'.
Também vale a pena notar que, que eu saiba, você não poderá executar uma instalação EXISTENTE no Ubuntu como uma VM dentro do Windows. Você teria que criar um novo a partir do zero.