Sua melhor aposta é fazer backup de seus arquivos e reinstalar.
Não sei ao certo o que está causando o problema, mas os 3 carregadores de inicialização separados soam definitivamente errados para mim.
Também aconselho fazer uma inicialização dupla completa em vez de uma instalação wubi porque:
Qual é o desempenho?
O desempenho é idêntico a uma instalação padrão, exceto pelo acesso ao disco rígido que é um pouco mais lento que uma instalação para uma partição dedicada. Se o seu disco rígido estiver muito fragmentado, o desempenho irá degenerar.
Alguma pegadinha?
A hibernação não é suportada pelo Wubi, além disso o sistema de arquivos Wubi é mais vulnerável a hard-reboots (desligar a energia) e falta de energia do que um sistema de arquivos normal, então tente evitar a desconexão da energia. Uma instalação do Ubuntu em uma partição dedicada fornece um sistema de arquivos que é mais robusto e pode tolerar melhor esses eventos.
(do FAQ do wubi )
Se você armazenar a imagem wubi (normalmente: c:/ubuntu/disks/root.disk
) em algum lugar seguro, então você pode montá-la a partir de uma instalação normal do Ubuntu e acessar seus arquivos.