Estou assumindo que isso é para o TextMate 2, já que esse problema não existe no TextMate 1 AFAIK.
Localizados dentro da pasta ~/Library/Application Support/Avian/Bundles/PHP.tmbundle
são todos os 'deltas' dos seus pacotes. Um arquivo 'delta' é um registro das alterações feitas nos pacotes 'padrão'. O TextMate registra as alterações em vez de aplicá-las diretamente ao pacote para permitir que o pacote seja atualizado sem apagar suas alterações (entre outras razões).
Encontre o arquivo para o comando ou configuração que você deseja reativar. Abra o arquivo e altere a chave "isDisabled" para false se quiser manter outras alterações feitas ou simplesmente exclua o arquivo se quiser reverter para o padrão.