Isso é quase o que eu faço com minha configuração, exceto que eu faço um link simbólico para o diretório windows
ln -s /host/users/me/Documents windir
Não tenho certeza se é uma boa ideia executar o HOME diretamente no NTFS. Depois de fazer o login, você também pode alterar a variável HOME também.
Estou usando o Wubi e ele monta automaticamente a partição do windows em / host. Se a sua instalação do Linux não monta automaticamente a partição do Windows, você deve configurá-la para que funcione.