Não consigo encontrar uma página no MS KB para reconhecê-la, mas acho que isso é um bug no terminal services client - no qual alguns tipos de arquivos de texto, quando colados dessa maneira, terão dados de algum lugar no meio do arquivo adicionado ao final dele.
Você pode solucionar isso usando mapeamentos de unidade de cliente (por exemplo, \ tsclient \ c) ou compactando o arquivo antes de copiá-lo / colá-lo.
Você atualizou seu cliente da Área de Trabalho Remota (mstsc.exe) para a versão 7? Isso pode funcionar melhor com a área de transferência do Server 2008.
Versão 7 da RDC: link