Quando você coloca arquivos na lixeira, eles são movidos para uma pasta oculta chamada .Trashes ou similar no volume do nível da raiz onde os arquivos foram armazenados ( /Volumes/name-of-time-machine-volume/.Trashes ). Eles ainda estão no sistema de arquivos e ocupam a mesma quantidade de espaço no sistema de arquivos de antes.
Talvez o Finder realize uma verificação adicional se há espaço livre suficiente para restaurar os arquivos da Lixeira e essa verificação não leva em consideração as características dos links físicos. Se for esse o caso, você poderia tentar uma possível solução alternativa: em vez de arrastar e soltar, tente abrir a Lixeira, clique com o botão direito do mouse em uma pasta e selecione "colocar arquivos de volta". Alternativamente, mova os arquivos via terminal.