Estranho. Eu tenho uma instalação padrão do Ubuntu 11.04 aqui e SLAAC / autoconf funciona fora da caixa:
sander@ubuntu:~$ ifconfig
eth0 Link encap:Ethernet HWaddr 00:0c:29:43:38:b7
inet addr:xx.xx.56.92 Bcast:xx.xx.56.95 Mask:255.255.255.224
inet6 addr: xxxx:xxxx:1:0:20c:29ff:fe43:38b7/64 Scope:Global
inet6 addr: fe80::20c:29ff:fe43:38b7/64 Scope:Link
UP BROADCAST RUNNING MULTICAST MTU:1500 Metric:1
RX packets:459 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:319 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:1000
RX bytes:419159 (419.1 KB) TX bytes:35138 (35.1 KB)
Tem certeza de que o roteador na rede está enviando anúncios de roteador adequados? Pode ser que o autoconf não esteja (corretamente) configurado e o Windows esteja voltando para o DHCPv6.